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Il gioco inizia con il professor Hershel Layton e il suo apprendista Luke Triton in viaggio su un bus, diretto in un quartiere isolato di Londra, Midland Road, come indicato da una lettera appena ricevuta. La lettera è datata a dieci anni nel futuro e il mittente sarebbe proprio Luke. Mentre attendono di arrivare a destinazione il professore non può fare a meno di sospettare che possa esserci un collegamento tra la lettera e un evento avvenuto una settimana prima. Tramite un flashback vediamo infatti che il Layton e Luke avevano assistito alla presentazione pubblica di una Macchina del Tempo, costruita dallo scienziato Alain Stahngun; durante la dimostrazione la macchina aveva subito un malfunzionamento esplodendo, e Stahngun era sparito misteriosamente assieme al primo ministro Bill Hawks, al quale aveva chiesto di fargli da volontario. Arrivati a Midland Road, Layton e Luke si recano sul luogo indicato nella lettera: un vecchio negozio di orologi gestito dalla coppia Quartz e Crystal, i quali spiegano che li stavano aspettando. I due vengono condotti sul retro del negozio dove Quartz attiva un gigantesco orologio; improvvisamente tutto inizia a tremare e quando il trambusto si placa, Layton e Luke, corsi fuori dal negozio sembrano ritrovarsi in una città completamente diversa.

Parlando con i passanti Luke e Layton scoprono di trovarsi effettivamente a Londra, ma sembra che siano passati esattamente dieci anni da quando sono giunti all'orologiaio di Midland Road. Dopo aver prenotato una camera all'Hotel Duke, i due vengono avvicinati da un postino che consegna loro un'altra lettera firmata da Luke. Nella lettera Luke conferma al professore di essere effettivamente dieci anni nel futuro e per provarglielo lo invita a visitare l'ospedale di Aukland Lane. Giunti all'ospedale in metropolitana, Layton e Luke vengono scortati nella camera dove è ricoverato il dr. Shreder, mentore del professore, visibilmente invecchiato e quasi delirante, il quale tra l'altro consegna a Layton le chiavi della sua auto, parcheggiata fuori dall'edificio in stato di abbandono. Dentro l'auto si trova un'altra lettera dal Luke del futuro che invita il professore a incontrarlo al Casinò "7 di Quadri". Sulla strada verso il Casinò, Layton intravede una donna dall'aspetto famigliare, e inoltre non può fare a meno di notare in giro per la città la presenza di diversi tipi loschi vestito in nero, che si aggirano per le strade di Londra, e che molte persone sembrano avere paura del professore.

Arrivati al casinò i due incontrano il Luke del futuro il quale, per accertarsi dell'identità del professore, lo mette alla prova con un enigma basato sulle carte da gioco; Layton riesce senza problemi a trovare la soluzione al suo enigma e allo stesso tempo rilancia con un enigma simile in cui però non c'è soluzione, questo per dimostrare gli errori in cui si può incorrere nel formulare male una domanda. Soddisfatto del risultato, Luke conduce Layton e il sé stesso del passato in un ripostiglio dove rivela alcune scioccanti verità su questo futuro. I tipi loschi che si aggirano per le strade sono i membri di un clan della malavita noto come "La Famiglia" al cui comando vi è lo stesso professor Layton, che governa Londra con il pugno di ferro. Luke spiega che in questo futuro il professore è diventato ossessionato dall'idea del viaggio del tempo e si alleato con il dr. Sthangun, il quale è ancora vivo, affinché completi la sua macchina del tempo. Seppur scosso per questa rivelazione, Layton acconsente ad aiutare il Luke del futuro e il trio riesce a fuggire dal casinò dopo un'imboscata dei sicari della Famiglia. I tre si recano quindi al vicino ristorante dove incontrano Shipley, il postino incaricato a consegnare le lettere e alleato di Luke; egli spiega che il Layton del futuro ha il suo quartier generale nella Grande Pagoda situata nel quartiere di Chinatown, ed entrarvi non sarà facile.

Lungo la strada per Chinatown, Layton intravede di nuovo la donna di prima e spiega a Luke che ella somiglia a Claire Folley, la sua fidanzata dai tempi dell'università, la quale tra l'altro gli aveva regalato, per la sua nomina a professore, la tuba che Layton indossa sempre; Claire era una giovane scienziata e dieci anni prima degli eventi del gioco è morta per un esperimento fallito. Lungo la strada per la Pagoda, il gruppo passa accanto al Tamigi sul quale è stato eretto un faro, e notano nel frattempo alcuni uomini, con aria preoccupata e vestiti con camice da laboratorio e con i piedi bagnati. Si scopre che l'ingresso a Chinatown è bloccato e sorvegliato da due guardie che al professore ricordano l'ispettore Chelmy e il suo connestabile Barton; al vederli Layton si rende conto che gli farebbe comodo recuperare alcune informazioni da Scotland Yard, nel passato. Luke del futuro allora spiega che ciò è possibile, in quanto il gigantesco orologio a Midland Road è una macchina del tempo incompleta, in grado di creare una distorsione temporale per viaggiare avanti e indietro tra la loro epoca di provenienza e i dieci anni nel futuro in cui si trovano attualmente.

Layton e Luke tornano quindi nella loro epoca e fanno tappa all'ufficio del professore, all'Università Gressenheller. Qui i due vengono sorpresi da Flora, arrabbiata per il fatto che se ne siano andati senza avvisarla, ma il professore decide di tacere il loro viaggio nel tempo per non metterla nei guai. Recuperati dei vecchi articoli di giornale sull'incidente di dieci anni prima, in cui perse la vita Claire, Layton e Luke si recano a Scotland Yard. Il professore è convinto che ci sia un collegamento tra quell'incidente e l'esplosione della macchina del tempo di Sthangun, e ottiene la conferma ai suoi dubbi dopo che Chelmy gli concede di consultare dei fascicoli negli archivi della polizia; Layton inizia quindi a sospettare che il ministro Hawks possa essere tenuto prigioniero nel futuro. Layton e Luke tornano a Midland Road, ma una volta entrati dall'orologiaio, scoprono troppo tardi di essere stadi pedinati sia da Flora, che non vuole più rimanere indietro, sia da Chelmy e Barton. Quartz però ha già attivato l'orologio, pertanto il gruppo allargato viene riportato nel futuro. Chelmy decide di indagare da solo, insieme a Barton sulla scomparsa del ministro mentre Flora rimane con il professore, che riceve da Shipley una lettera da parte di Luke del futuro che gli da appuntamento al parco.

Luke ha un piano per entrare nella Pagoda: far ascoltare a un pappagallo "adottato" dal giovane Luke la voce di Bostro (braccio destro del Layton malvagio), e far sì che il volatile imiti la sua voce in prossimità delle guardie di Chinatown, affinché lascino il loro posto di guardia. Il piano va a buon fine e il gruppo entra così nel quartiere, dove si scopre però che il capo della Famiglia al momento non si trova nella pagoda ma pare che si sia diretto ad un ristorante sulle rive del Tamigi, il "Thames Arms". Giunti sul posto Layton e gli altri incontrano un coniglio parlante, che si presenta come Soggetto 3, e afferma di essere stato una cavia di laboratorio della Famiglia e di aver subito una serie di esperimenti che gli hanno dato la capacitò di parlare. Successivamente Layton scopre dal barista del Thames Arms che il sé stesso del futuro ha già lasciato il locale ed è tornato alla Pagoda. Il gruppo torna quindi a Chinatown, dove Layton si assenta per un momento, per poi ricongiungersi con gli altri poco prima di entrare nell'edificio. Dentro alla pagoda il professore e gli altri sono costretti a superare varie trappole ed enigmi, uno dei quali richiede che Layton indossi un strano visore.

Arrivati in cima, nell'ufficio del Layton malvagio, il professore lo invita a gettare la maschera, egli infatti si rivela essere il dr. Sthangun il quale a sua volta ha sempre usato un nome falso per nascondere la sua vera identità, Dimitri Allen. Layton spiega che Dimitri era uno scienziato che aveva lavorato già dieci anni prima ad una macchina del tempo, e fu proprio un test fallito dell'apparecchio, che portò al noto incidente in cui Claire e apparentemente anche Dimitri persero la vita. Dimitri, scoperto, sfida allora il professore con un enigma arrangiato affinché solo lui possa ottenere il punteggio vincente, ma il professore riesce comunque a rigirare le carte in suo favore proponendo una soluzione che si concluda con un pareggio. Allen allora confessa come il suo piano fosse quello di fingersi Layton, per attirarlo nel futuro, e che il visore da lui indossato precedentemente ha scansionato i suoi ricordi, con i quali Dimitri spera di recuperare le informazioni necessarie per far funzionare la sua macchina del tempo. Dimitri rivela inoltre di avere effettivamente catturato Bill Hawks, e che intende punirlo perché lo ritiene responsabile dell'incidente. Layton e gli altri si ritrovano rinchiusi in una gabbia, ma inaspettatamente il professore rimuove la maschera rivelando di essere Don Pablo. Il vero Layton entra quindi in scena spiegando di come si fosse accorto che il suo rivale lo stesse seguendo (era stato lui tra l'altro a impersonare il dr. Shreder), e si era accordato con lui affinché egli prendesse il suo posto prima che il gruppo entrasse nella Pagoda.

Dimitri pertanto fugge con il ministro mentre Layton e gli altri fuggono attraverso un passaggio segreto e si dividono: Flora e il Luke del futuro si dirigono all'Hotel Duke dove poi verranno raggiunti da Layton, Luke e Don Pablo. Il professore spiega quindi a Luke che lui e il suo rivale hanno stretto una tregua momentanea e che Don Pablo in realtà era Paul, un suo vecchio compagno di università, il quale aveva iniziato a covare rancore nei suoi confronti dato che anche lui era invaghito di Claire che però aveva scelto di mettersi con Hershel. Il trio raggiunge l'hotel dove si ricongiunge con Flora, mentre il Luke del futuro si è momentaneamente allontanato e lo stesso fa Don Pablo. Layton decide allora di indagare su dove possa trovarsi il laboratorio di Dimitri, dove lui sta ricostruendo la Macchina del tempo. Secondo il professore il laboratorio potrebbe trovarsi nei pressi del Tamigi, il che spiegherebbe la presenza nei paraggi, degli scienziati con i piedi bagnati, i quali molto probabilmente sono stati rapiti dal passato e costretti a lavorare alla Macchina del tempo per tornare a casa. In effetti la proprietaria dell'hotel, Margaret afferma che un tempo esisteva un tunnel sotto il fiume ma che la Famiglia lo ha chiuso; tuttavia Margaret consiglia al professore di recarsi al mercato nero e rivolgersi a Grafton che conosce un modo per accedere al tunnel.

Grazie alla collaborazione di Grafton, Layton, Luke e Flora riescono ad entrare nel tunnel fognario sotto il Tamigi e vengono raggiunti da Don Pablo. In fondo al tunnel il gruppo trova in effetti il laboratorio di Dimitri ma vengono raggiunti dalla Famiglia; per fortuna Layton e gli altri riescono a fuggire con l'aiuto della misteriosa donna, la quale si presenta come Celeste e spiega di essere la sorella minore di Claire, in cerca di risposte sulla sua morte. Per seminare gli inseguitori, Celeste si separa dal gruppo insieme a Don Pablo, e dà al professore appuntamento al Thames Arms. Il gruppo si reca quindi al locale dove si ricongiunge con Chelmy, Barton e il Luke del futuro; ora che tutti sono insieme nello stesso posto è giunto il momento per il professore di rivelare la verità su tutta questa strana faccenda. Layton spiega che quella in cui si trovano non è la Londra del futuro ma solo una gigantesca replica, costruita sotto la vera Londra, il tutto per far creder agli scienziati rapiti di essere veramente nel futuro e motivarli a completare la Macchina del Tempo. Layton procede poi spiegando che il negozio di Midland Road contiene in realtà un grande ascensore che conduce proprio nella Londra sotterranea e subito dopo smaschera il barista del Thames Arms, che altri non era che Dimitri.

Allen prova a minacciare Layton dicendo di aver piantato bombe sotto il locale ma il professore smaschera il suo bluff e lo costringe a confessare. Dimitri spiega che nel suo esperimento della Macchina del Tempo era aiutato da Bill Hawks, anche lui scienziato, e da Claire all'epoca giovane tirocinante, e che fu Bill a convincere Claire a testare la macchina, il giorno dell'incidente, ignorando le proteste di Dimitri che sapeva che la macchina non era pronta e che temeva per l'incolumità di Claire di cui anche lui era innamorato. Layton comprende quindi che il desiderio ultimo di Dimitri era quello di salvare la vita di Claire ma gli rivela di essere stato usato per tutto questo tempo. La vera mente dietro a questo piano era il Luke del futuro, che in realtà è un ragazzo di nome Clive, e i suoi genitori, che vivano accanto al laboratorio dove si era svolto l'esperimento, morirono anche loro nell'incidente. Pertanto Clive egli vuole vendicarsi su Hawks e Allen, poiché responsabili dell'incidente, e ha organizzato la messinscena della Londra del futuro con i soldi ereditati dalla sua defunta madre adottiva, Constance Dove. Con la sua identità compromessa, Clive rapisce Flora e fugge in una gigantesca fortezza che si trovava nascosta sotto il Tamigi; con essa intende emergere nella vera Londra e distruggerla come ultimo passo del suo piano di vendetta.

Layon e Luke, raggiungono la fortezza a bordo della Laytonmobile, riparata da Don Pablo, e si infiltrano al suo interno. I due riescono a salvare Flora e tentano di raggiungere la sala di controllo per fermare Clive, invano dato che ormai la fortezza ha sfondato il soffitto della Londra falsa emergendo in superficie. Il trio viene quindi raggiunto da Celeste, salita sulla fortezza a bordo della macchina volante di Don Pablo, e insieme a lei trovano la stanza del generatore. All'interno di essa Clive ha rinchiuso Bill Hawks, collegando il suo cuore al generatore: se il collegamento verrà interrotto la fortezza esploderà. Celeste allora propone di collegare al generatore l'orologio che Claire indossava il giorno dell'incidente, da lei recuperato, il quale però è difettoso e funzionerà per soli dieci minuti. L'idea va a buon fine e il ministro viene salvato; Layton poi inverte il flusso energetico del generatore: l'esplosione è stata scongiurata ma la fortezza sta comunque per collassare. Layton, Luke, Flora e il ministro fuggono dalla fortezza con la Laytonmobile, che Don Pablo ha modificato, dotandola di ali ed elica per volare; Celeste invece si attarda per portare in salvo anche Clive. Alla fine tutti riescono a fuggire in tempo mentre la fortezza sprofonda nella Londra del Futuro, nel frattempo evacuata da Chelmy.

Prima di essere portato via dalla polizia, Clive ringrazia il professore e spiega che in effetti lo aveva contattato nella speranza che potesse porre fine alla sua follia; Layton ricorda allora che, il giorno dell'incidente, lui aveva effettivamente incontrato Clive, ancora bambino, e gli aveva impedito di tornare a cercare i suoi genitori cosa che lo avrebbe sicuramente portato alla morte. Sembra ormai tutto finito ma Celeste ha ancora un ultimo sconvolgente segreto da rivelare: lei non è la sorella di Claire, ma Claire in persona. Dimitri spiega quindi che in effetti l'esperimento condotto su di lei aveva miracolosamente funzionato: Claire, prima che la macchina esplodesse, era stata mandata avanti di dieci anni dopo l'incidente; tuttavia Dimitri ha notato come il suo corpo, sentendo di non appartenere a quest'epoca, stia inesorabilmente tentando di ritornare indietro nel tempo, al momento dell'incidente. Dimitri ha provato per molto tempo a ritardare il ritorno di Claire nel passato e sperava di riuscirci ricostruendo la Macchina del Tempo, ma ormai non si può più rimandare l'inevitabile: Claire presto tornerà dieci anni nel passato appena in tempo per ritrovarsi coinvolta nell'esplosione.

Sconvolto da questa rivelazione Layton si ritira in privato con Claire e le dice di non volerla lasciare andare; lei però gli dice di essere felice che lui si sia preso cura del cappello che lei gli aveva regalato, e dopo un ultimo bacio, si allontana facendogli promettere di non dimenticare i loro bei momenti passati insieme e il loro futuro perduto. Girato l'angolo di un vicolo, Claire sparisce e Layton scoppia in lacrime e alzando gli occhi al cielo si toglie il suo cappello (per la prima volta in un gioco) in segno di lutto, dicendo addio alla sua amata. Nella scena dopo i titoli di coda, Layton accompagna Luke al porto, in quanto il ragazzo dovrà seguire suo padre, in procinto di trasferirsi per lavoro negli Stati Uniti. Luke quindi, abbracciando in lacrime il professore, dice addio al suo mentore, il quale da parte sua non può nascondere una lacrima di commozione. Diversi mesi dopo però, il professore riceve una lettera da Luke, con enigma allegato, in cui parla di alcuni fatti misteriosi che si stanno verificando dalle sue parti, e invita il professore a raggiungerlo per aiutarlo a risolvere questo nuovo mistero.

• PRODOTTO USATO
• VERSIONE ITALIANA
• SOTTOTITOLI: INGLESE, ITALIANO, FRANCESE, TEDESCO, SPAGNOLO
• PARLATO: INGLESE
• SPEDIZIONE: TRAMITE CORRIERE ESPRESSO  IN 24/48 ORE
• OGNI GIOCO è NELLA SUA CONFEZIONE ORIGINALE