All'epoca del suo debutto su Game Boy Color, Pokémon Versione Cristallo introdusse molti nuovi ed emozionanti elementi nella serie Pokémon. Si trattava di una versione ampliata di Pokémon Versione Oro e Pokémon Versione Argento ed era il primo gioco di Pokémon in cui il giocatore poteva scegliere un personaggio giocabile maschio o femmina. Inoltre, fu il primo a introdurre le animazioni durante le lotte di Pokémon.

In questa versione di Pokémon Versione Cristallo avrai anche l'opportunità di incontrare il Pokémon misterioso Celebi in un evento dopo aver completato il gioco. Nella versione originale di Pokémon Versione Cristallo, l'unico modo per ottenere Celebi era utilizzare un accessorio speciale.

Pokémon Versione Cristallo è compatibile con le funzioni di comunicazione wireless delle console Nintendo 3DS e ci si può quindi divertire a fare scambi e lotte in link tra le versioni per Virtual Console di Pokémon Versione Cristallo, Pokémon Versione Oro e Pokémon Versione Argento.

Inoltre, Pokémon Versione Cristallo è anche compatibile con la funzione Tempocapsula, che permette ai giocatori di effettuare scambi in link tra le versioni per Virtual Console di Pokémon Versione Cristallo, Pokémon Versione Oro, Pokémon Versione Argento, Pokémon Versione Rossa, Pokémon Versione Blu o Pokémon Versione Gialla: Speciale Edizione Pikachu recandosi nei Centri Pokémon dei vari giochi.

Pokémon Versione Cristallo sarà anche compatibile con la Banca Pokémon. Con l'aggiunta di Pokémon Versione Cristallo a questo servizio, sarà possibile trasferire i Pokémon di tutti i giochi principali della serie in Pokémon Ultrasole e Pokémon Ultraluna.